Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 19 listopada 2003 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych (Dz. U. nr 209, poz. 2027 z późn. zm.), zakres terytorialnego zasięgu działania Dyrektora Izby Skarbowej w Olsztynie obejmuje obszar województwa warmińsko - mazurskiego, w którym znajdują się siedziby 16 urzędów skarbowych.